1. Lo primero que hice fue ir a propiedades del panel (clic derecho en alguna parte del panel - panel - propiedades del panel) y eliminar el panel superior.
2. Ahí mismo sin cerrar la ventana lo cree de nuevo, en la pestaña general le puse orientación horizontal, bloquear panel y longitud 100%, para ponerle la ubicación y el tamaño que trae por defecto.
3. Después fui a la pestaña elementos y los fui agregando de uno en uno en este orden:
- Botones de ventana
- Separador
- Área de notificación
- Plugin indicador
- Separador
- Fecha y Hora
- Separador
- Selector de área de trabajo
- Separador
- Menú de sesión
4. Ahora ya tengo de vuelta todos los elementos en el panel pero faltan algunos detalles para dejarlo como estaba:
Le doy clic derecho al "Menú de aplicaciones" y luego desactivo la casilla "mostrar el titulo del botón" para que no aparezca junto al menú el texto "Menú de aplicaciones".
5. Este ultimo paso no es necesario la mayoría de las veces, a estas alturas ya debería estar restaurado el menú, pero algunas veces, no se por que, los elementos de la parte derecha aparecen pegados a los Botones de ventana si hay pocas ventanas abiertas, en este caso hay que ir a las propiedades del separador que esta después de este elemento y activar la casilla "expandir".
Listo, después de esto el panel superior debería estar como antes, aunque el post tenga como titulo Xubuntu, este procedimiento sirve para cualquier distribución con XFCE, en Manjaro tuve exactamente el mismo problema y lo solucione de la misma manera.